灰指甲是由真菌感染甲板及甲下所引起的疾病，治疗时普通药与伊曲康唑在抗菌谱、药物渗透性、治疗疗程、安全性、价格等方面存在差异，影响治疗效果。

1. 抗菌谱：普通治疗灰指甲的药物如特比萘芬、氟康唑、阿莫罗芬等，抗菌谱相对较窄。特比萘芬主要对皮肤癣菌有较强的抗菌活性；氟康唑对念珠菌属等有一定作用。而伊曲康唑抗菌谱广，对皮肤癣菌、酵母菌、霉菌等多种真菌都有良好的抗菌效果，能应对更多类型真菌引起的灰指甲。

2. 药物渗透性：伊曲康唑具有良好的亲脂性，能较好地渗透进入甲板，在甲组织中达到较高的药物浓度，更有效地杀灭真菌。一些普通药物的渗透性相对较弱，难以在甲板内形成有效的药物浓度，影响治疗效果。

3. 治疗疗程：使用普通药物治疗灰指甲，可能需要较长的疗程，例如外用阿莫罗芬搽剂，一般需要连续使用数月。伊曲康唑采用冲击疗法治疗灰指甲时，疗程相对较短，能在较短时间内发挥抗真菌作用，提高患者的依从性。

4. 安全性：普通药物在使用过程中可能会有不同程度的不良反应。如特比萘芬可能会引起胃肠道不适、肝功能异常等。伊曲康唑总体安全性较好，但也可能有一些轻微的胃肠道反应等，不过在医生的指导下合理使用，安全性是有保障的。

5. 价格：普通治疗灰指甲的药物价格有高有低，一些常用的外用药物价格相对较为亲民。伊曲康唑由于其生产工艺、研发成本等因素，价格可能相对较高。但从治疗效果和综合效益来看，伊曲康唑可能在某些情况下更具优势。

综上所述，普通药和伊曲康唑在治疗灰指甲时各有特点。在选择治疗药物时，需要综合考虑患者的具体情况，如感染真菌的类型、病情严重程度、患者的身体状况等。无论选择哪种药物，都应在医生的指导下进行，以确保治疗的有效性和安全性。如果灰指甲症状持续不缓解或加重，建议及时到正规医院的皮肤性病科就诊。